Die Heilpädagogische Schule führt eigene Sonderschul-Kleinklassen. Diese umfassen in der Regel 4–8 Schülerinnen und Schüler. 2–3 solche Klassen bilden zusammen mit einem Hort eine organisatorische Einheit, das Personal darin ein Sonderschulteam. Die Sonderschulteams bestehen aus Heilpädagogischen Lehrpersonen, Therapiepersonal und Betreuungspersonal.

Die separierten Sonderschulklassen umfassen in der Regel Schülerinnen und Schüler der selben Altersstufe, wobei immer 3–4 Jahrgänge zusammengefasst sind. Entsprechend finden sich Heilpädagogische Kindergärten, Unterstufen-, Mittelstufen- und Oberstufenklassen. Für Schülerinnen und Schüler ab dem 15. Altersjahr steht zudem das Sonderschulangebot «15+SHS» der Fachschule Viventa zu Verfügung. Solche separierte Sonderschul-Einheiten sind in Regelschulhäusern in der ganzen Stadt integriert (vgl. Standorte).

Die separierte Sonderschulung orientiert sich an den individuellen Lernbedürfnissen jedes einzelnen Schülers, jeder einzelnen Schülerin, im Hinblick auf eine möglichst weit gehende Integration in die Gesellschaft und in die Arbeitswelt. Dies wird regelmässig im Rahmen einer individuellen Förderplanung im Team und mit den Eltern diskutiert und festgehalten (vgl. Schulisches Standortgespräch, SSG). Die Förderplanung gilt als individueller Lehrplan für die einzelne Schülerin, den einzelnen Schüler. Die Umsetzung dieser Förderplanung im Alltag verantwortet eine Heilpädagogische Lehrperson. Für die Umsetzung werden alle personellen und fachlichen Kompetenzen des Sonderschulteams möglichst ideal genutzt.

Mindestens jährlich im Rahmen eines Standortgesprächs (SSG) wird überprüft, ob die separierte Form der Sonderschulung immer noch richtig ist. Ein Wechsel zwischen separierter und integrierter Schulungsform ist zu jeder Zeit in der Schullaufbahn denkbar und möglich.

Dadurch, dass die separierten Sonderschulklassen mehrheitlich integriert in Regelschulhäuser sind, sind auch verschiedenste Zwischenformen zwischen separierter und integrierter Schulungsform denkbar und werden im Alltag praktiziert.