Äusserer Widerstand drohte Zürich aus der übrigen Eidgenossenschaft. Ende 1522 verurteilte die eidgenössische Tagsatzung Zürichs Reformationsbestrebungen. Die wichtigste Aufgabe der Tagsatzung betraf die Verwaltung der Gemeinen Herrschaften, das heisst der von mehreren Orten gemeinsam eroberten und regierten Untertanengebiete. Dass die reformierten wie die katholischen Orte dort ihren eigenen Glauben etablieren wollten, führte zu weiteren Streitigkeiten. 1524 beschlossen die fünf Innerschweizer Orte (Luzern, Uri, Schwyz, Unterwalden, Zug) beim alten Glauben zu bleiben. 1526 veranstalten sie in Baden eine Disputation, doch beteiligte sich Zwingli nicht daran, da er befürchtete, verhaftet zu werden. Die kirchenpolitische Isolierung Zürichs gelang den Innerschweizern nicht, vielmehr führte die Badener Disputation dazu, dass sich Bern und Basel Zürich zuwandten. Bern entschied 1528 an einer eigenen Disputation, die Reformation einzuführen. Noch im selben Jahr traten ihr Biel und 1529 Basel und Schaffhausen bei.

Damit hatte sich die Reformation weiter ausgebreitet, woraufhin sich die Neu- wie die Altgläubigen absicherten und in konfessionellen Bündnissen zusammenschlossen. Zürich, Bern, Basel und Schaffhausen zusammen mit Biel, St. Gallen, Konstanz, Mülhausen und Strassburg im Christlichen Burgrecht, die katholischen Orte mit Habsburg-Österreich in der Christlichen Vereinigung. In den nächsten Jahren und Jahrzehnten wurden diese Bündnisse erneuert oder mit weiteren Gleichgesinnten abgeschlossen.

Zur direkten militärischen Konfrontation kam es 1529. Der Erste Kappelerkrieg konnte gerade noch friedlich beigelegt werden. Die Kappeler Milchsuppe ist allerdings nicht sicher belegt. Der Erste Kappeler Landfrieden begünstigte die Reformierten. Die Katholischen Orte mussten die Christliche Vereinigung aufgeben und die Kriegskosten übernehmen. Vor allem in den Gemeinen Herrschaften konnte sich die Reformation nun kurzfristig ausbreiten.

Der Frieden hielt nicht lange an. Zürich forderte die fünf inneren Orte auf, die reformatorische Predigt in ihrem Hoheitsgebiet zuzulassen, wogegen diese sich als Einmischung in die inneren Angelegenheiten verwahrten. Im Oktober 1531 drängten die Katholiken zum Krieg gegen die Reformierten, welche eine Lebensmittelblockade verhängt hatten. Im Zweiten Kappelerkrieg besiegten die zahlenmässig weit überlegenen Innerschweizer die schlecht aufgestellten Zürcher am 11. Oktober 1531 bei Kappel am Albis. Unter den rund 500 Gefallenen befand sich Huldrych Zwingli, der als Feldprediger an der Schlacht teilgenommen hatte. Zwei Wochen später wurden die reformierten Orte in der Schlacht am Gubel erneut vernichtend geschlagen. Der Zweite Kappeler Landfrieden anerkannte die Existenz zweier Glaubenslehren. Jeder einzelne Ort durfte in seinem Untertanengebiet über die Konfession bestimmen, womit das auf dem Augsburger Religionsfrieden von 1555 sanktionierte Prinzip des «Cuius regio eius religio» vorweggenommen wurde. In den Gemeinen Herrschaften wurde nun der Katholizismus begünstigt. Das Christliche Burgrecht wurde aufgehoben, Zürich musste eine Kriegsentschädigung bezahlen.