In den 30er-Jahren des letzten Jahrhunderts begann Frau Dr. Maria Egg, Kinder, die von der öffentlichen Schule wegen ihrer Behinderungen ausgeschlossen waren, zu Hause zu schulen und gründete damit die weltweit erste Sonderschule.

Im Winter des Jahres 1937 sass ihr erster Schüler, «ein Büblein, das von der öffentlichen Schule ausgeschlossen war», an ihrem Stubentisch. Es erfüllte sie mit viel Stolz, als der «kleine Mongoloide», der aufgrund seiner Behinderung als bildungsunfähig galt, sich zu einem «richtigen» Schulbub entwickelte, der in die Spezialklasse aufgenommen wurde. Die Schar um ihren Stubentisch wuchs. Immer mehr Eltern wurden auf Frau Dr. Maria Egg-Benes aufmerksam, denn damals legte man ihnen nahe ihre Kinder in Anstalten unterzubringen. Frau Dr. Maria Egg-Benes vertrat im Gegensatz dazu die Ansicht, dass Kinder mit einer geistigen Behinderung in erster Linie Kinder sind, die in ihre Familie gehören. Die Familie soll selbst für die Erziehung ihres Kindes mit einer geistigen Behinderung sorgen dürfen.

1940 mietete Frau Egg erstmals Räumlichkeiten an der Toblerstrasse 30 für ihren «Heilpädagogischen Schulzirkel». Schon zu dieser Zeit unterstütze ihre Zwillingsschwester Luise Rossier-Benes sie tatkräftig.

Die auf privater Basis gegründete Schule verfügte über keine eigentliche finanzielle Grundlage. Die Eltern der Kinder mussten selbst für das Schulgeld aufkommen, denn zum damaligen Zeitpunkt galten diese als bildungsunfähig und waren laut Volksschulgesetz von der Schule zu entlassen. Auch hier war Frau Dr. Maria Egg-Benes anderer Ansicht. Sie glaubte an die Bildbarkeit der Kinder mit einer geistigen Behinderung und auch an ihr Recht auf Schulbildung. Gemeinsam mit Paul Nater, dem damaligen Präsidenten der Kreisschulpflege Uto, kämpfte sie für diese Sache. 1947 hiess der Gemeinderat einen ersten Kredit von 20'000 Franken gut, mit dem das Schulgeld der Schüler und auch ein bescheidenes, regelmässiges Gehalt an die drei Lehrerinnen ausbezahlt werden konnte. Der 1951 gegründete und von Paul Nater präsidierte «gemeinnützige Hilfsschulverein» bildete fortan die Trägerschaft für die «Heilpädagogische Hilfsschule». 1952 beantragte die Zentralschulpflege gemeinsam mit dem Stadtrat beim Gemeinderat eine provisorische Übernahme der Schule durch die Stadt Zürich. Am 4.3.1956 nahm die Stadtzürcher Bevölkerung die Vorlage zur Übernahme der «Heilpädagogischen Hilfsschule» bei einer Stimmbeteiligung von 52,4%, mit 56'146 Ja-Stimmen gegen 7'443 Nein-Stimmen an. Dieser Entscheid sicherte die Existenz ihrer Schule und somit auch das Recht der Kinder mit einer geistigen Behinderung auf Schulung für die nahe Zukunft. Die Schule und die Schülerzahlen stiegen kontinuierlich an. 1959 wurde die Zweigstelle Glattal eröffnet und 1965 durften sie gemeinsam mit der Anlernwerkstätte (heute BBI Züri-West) ins neu gebaute Schulhaus an der Gotthelfstrasse 53 einziehen, wo sie seit 1953 Räumlichkeiten bezogen hatten.

Mit der Einführung der Invalidenversicherung im Jahr 1960 bekam die Schule eine weitere finanzielle und rechtliche Grundlage und wurde zum Vorbild für viele weitere Sonderschulen, die in jenen Jahren in der ganzen Schweiz gegründet wurden.

Neben der Schule und der Anlernwerkstätte war Frau Dr. Egg auch an der Gründung weiterer Institutionen beteiligt: Für die Entlastung der Familien fand sie in Urnäsch, im «Rosenhügel» geeignete Räumlichkeiten für die Einrichtung von Internatsplätzen. Viele Schülerinnen und Schüler der Heilpädagogischen Hilfsschule verbrachten seither Aufenthalte im Appenzellerland. Mit dem «Verein für Förderung von zurückgebliebenen Kinder» (heute Stiftung ZüriWerk) beteiligte sich Frau Dr. Egg auch an der Gründung von geschützten Werkstätten für Abgängerinnen und Abgänger der Schule.

Weil der Schulraum an der Gotthelfstrasse nie ganz ausreichte, betrieb die Schule immer im Norden der Stadt weitere Zweigstellen, an wechselnden Standorten, je nachdem, wo die Regelschule freien Platz anbieten konnte. So waren über viele Jahre Klassen der Heilpädagogischen Hilfsschule an der Ringstrasse im Allenmoos-Areal und an der Maienstrasse auf dem Areal des Schulhauses Kügeliloo. Im Jahr 1989 konnte die Schule zudem im Schulhaus Staudenbühl einen eigenen Standort finden, den sie dort heute noch mit der Tagesschule Staudenbühl teilt.

Im Jahr 1996 wurde an der Schule das erste Leitbild erarbeitet als Grundlage für eine moderne und professioneller ausgerichtete Sonderschule. Gleichzeitig wurde der Name in «Heilpädagogische Schule (HP)» geändert.

Im Jahr 1998 startete die Heilpädagogische Schule den ersten Schulversuch mit einer Integrierten Schulung im Schulhaus Hutten. Diese neue Form der Sonderschulung wuchs zuerst gemächlich. Als dann im Jahr 2006 das neue Volksschulgesetz diese Form der Sonderschulung explizit vorsah und die Regelschule grundsätzlich integrativer ausgestaltete (Kleinklassen wurden geschlossen), wuchs der Anteil an integriert geschulten Schülerinnen und Schülern massiv.

Im Jahr 1998 entwickelte die Stadt Zürich die Idee, für die Klassen der Heilpädagogischen Schule, die im Norden der Stadt auf verschiedene Schulhäuser verteilt lebten, ein neues, zusätzliches Sonderschulhaus zu bauen. Es entstand ein Bauprojekt für ein neues, ideal konzipiertes und eingerichtetes Schulhaus auf dem Allenmoos-Areal. Nachdem dieses Bauprojekt übermehrere Jahre durch Einsprachen aus der Anwohnerschaft blockiert war, musste mit der Baufreigabe durch das Bundesgericht im Jahr 2006 die Situation neu analysiert werden: Einerseits stand damals fest, dass mit dem politischen Beschluss, die Finanzierungsaufgaben zwischen Bund und Kantonen neu zu verteilen, die Finanzierung durch die Invalidenversicherung nicht mehr gewährleistet war. Zudem hatte sich die Integrierte Schulung inzwischen so stark entwickelt, dass die Raumstrategie der Heilpädagogischen Schule grundsätzlich neu überdacht werden musste. Folge dieses Prozesses war: Verzicht auf einen Neubau eines Schulhauses für die Sonderschule und gezielte Implementierung von separierten Sonderschul-Teams in Regelschulhäuser. Damit konnte sich die Heilpädagogische Schule grundsätzlich eine neue Ausrichtung geben:

• Die Schule kommt zum Kind
• Nicht entweder integrierte oder separierte Schulung, sondern sowohl integrierte als auch separierte Sonderschulung

In der Folge begannen Regel- und Sonderschulung zunehmend sich näher zu kommen – zusammenzuwachsen. Regel- und Sonderschule teilten sich zunehmend Räume, Personal, ja den gesamten Lebensraum Schule, und neue Projekte der Zusammenarbeitsformen entstanden: Teil-Integrationen einzelner SchülerInnen, Teil-Integrationen ganzer Sonderschulklassen in Regelklassen, gemeinsam von Regel- und Sonderschule geführte Kindergärten und Horte etc. In den einzelnen Schulhäusern der Stadt Zürich findet zunehmend «Schule für Alle» in einer bunten Form von Projekten und Organisationen statt.