Stadt und Landschaft Zürich gehörten kirchenpolitisch zum Bistum Konstanz. Im Spätmittelalter herrschte in der Stadt ein vielfältiges kirchliches Leben, bei dem der Kult um Felix und Regula eine zentrale identitätsstiftende Rolle spielte. Kirchen und Klöster waren für die Stadtentwicklung bedeutend und wurden wie das Spital und die Siechenhäuser von der Bevölkerung grosszügig unterstützt. Im 13. Jahrhundert entstanden die ersten Frauenklöster (Oetenbach, St. Verena, Selnau) und die Klöster von Bettelorden (Augustiner-Eremiten, Franziskaner, Prediger). Die ohne ein feierliches Gelübde abgelegt zu haben, allein oder in ordensähnlichen Gemeinschaften ein religiöses Leben führenden Beginen und Begarden waren in der Nähe dieser Mendikantenorden ansässig.

Die Fraumünsteräbtissin war zugleich Reichsfürstin und Stadtherrin. So verlieh sie etwa das Münz- und das Zollrecht und beurkundete mit ihrem Siegel die städtischen Rechtsgeschäfte. Bereits ab Ende des 13. Jahrhunderts gerieten die grundherrschaftlichen Rechte und Regalien der Abtei jedoch zusehends in den Einflussbereich der wirtschaftlich erstarkten Bürgerschaft, welche somit schon lange vor der Reformation in die Geschicke der Fraumünsterabtei und andere kirchliche Einrichtungen eingriff. Der aus Vertretern von Constaffel und Zünften stammende Rat bestimmte als neuer Machthaber vermehrt über religiöse Angelegenheiten und führte die kirchliche Erneuerung kraft seines obrigkeitlichen Anspruchs in Stadt und Landschaft durch. Ähnlich geschah dies in den übrigen sich in der Eidgenossenschaft der Reformation anschliessenden Stadtorten. Für sie alle war die Reformation vor allem Teil ihrer eigenen politischen Reform.