Die Eidgenossenschaft blieb fortan konfessionell gespalten. Den sieben katholischen Orten Luzern, Uri, Schwyz Unterwalden, Zug, Freiburg und Solothurn standen mit Zürich, Bern, Basel und Schaffhausen zwar nur vier reformierte Orte gegenüber, doch waren diese gegenüber Ersteren wirtschaftlich stärker und hatten eine grössere Bevölkerungszahl. Glarus und Appenzell (1597 getrennt) überliessen es ihren Gemeinden über die Konfessionszugehörigkeit zu befinden, was zu katholischen, reformierten und paritätisch besetzten Kirchgemeinden führte. Konfessionell unterschiedlich ausgerichtet waren die Zugewandten Orte und die Gemeinen Herrschaften.

Der Zweite Kappelerkrieg verhinderte endgültig, dass sich die Reformation, wie Zwingli und viele seiner Gefolgsleute wünschten, auf die ganze Eidgenossenschaft ausbreitete. Für Zürich ging es nun darum, die Reformation zu konsolidieren und das Verhältnis zwischen der neuen Kirche und dem Staat zu regeln. Zudem warfen die Stadt- und vor allem die Landbevölkerung der Regierung vor, sie nicht wie vorgeschrieben vorgängig über den geplanten Kriegszug konsultiert zu haben. Mit Unterstützung des Grossen Rates entschloss sich die städtische Obrigkeit, an der Reformation festzuhalten und die neue Kirche weiterzuentwickeln.