Mitten unter dem heutigen Platz liegen die Reste der alten Werdmühle. Sie wird bereits 1328 als Kornmühle des Klosters Oetenbach erwähnt. Ausserhalb der Stadtmauer gelegen, nutzte sie die Wasserkraft des Sihlkanals, der sich vor dem Haus in zwei Arme teilte. Der Murerplan von 1576 zeigt ein mehrteiliges Gebäude mit drei Mühlerädern in Folge. 1870 richtete der neue Besitzer Rudolf Sprüngli in der Werdmühle eine Schokoladefabrik ein. 1903 erfolgte der Abbruch. Erhalten blieb der Name der Mühle, der auf den neu geschaffenen Platz überging.

Im Laufe der Grabung wurde ein Mühlstein freigelegt und geborgen. Dieser hat einen Durchmesser von rund 120 cm, ist 65 cm hoch und besteht aus Verrucano, auch Roter Ackerstein genannt, der in der Eiszeit vom Linthgletscher von den Glarner Alpen in die Region Zürich transportiert worden war. Der Mühlstein stand zuletzt nicht mehr als solcher in Gebrauch, sondern war im 19. Jahrhundert sekundär als Fundamentsockel für eine Steinkonstruktion verbaut worden.

Nach Abschluss der Bauarbeiten wurde der Stein in die Pflästerung des Werdmühleplatzes integriert. Er gibt den Fussgängerinnen und Fussgängern einen Hinweis auf die Benennung des Platzes.

Neben der Limmat war die Sihl der zweite wichtige Standort für Mühlen. Nach dem Bau der Schanzen im 17. Jahrhundert musste das Wasser des Kanals bei der Sihlporte mithilfe eines Aquädukts über den mit Seewasser gespiesenen Schanzengraben geführt werden, damit die Mühlen die Wasserkraft weiter nutzen konnten. Bis zu seiner Einmündung in die Limmat bei der Papierwerdinsel betrieb er mehrere Mühlen.