Die Stadtarchäologie ist zuständig für den Schutz von historischem Kulturgut im Boden und an Gebäuden in der Stadt Zürich. Sie untersucht, dokumentiert und archiviert archäologische Zeugnisse und informiert Öffentlichkeit und Fachwelt.

Die Unterwasserarchäologie schützt das reiche und zugleich bedrohte Kulturerbe in unseren Gewässern. Sie hat als Kompetenzzentrum in der Deutschsprachigen Schweiz einen hohen Ruf und arbeitet auch im Auftrag verschiedener Kantone. Das Labor für Dendroarchäologie untersucht Holzfunde, berät bei archäologischen Untersuchungen und liefert Erkenntnisse zur Baugeschichte, Siedlungsdynamik und Klimageschichte. Es gehört zu den weltweit ältesten Labors seiner Art.