Tierhalter*innen tragen die volle Verantwortung für die Gesundheit und das Wohlergehen ihrer Tiere. Dies gilt auch für Nutztiere. Die Veterinärdienste überwachen die Einhaltung der Tierschutzvorschriften und führen zusammen mit der Veterinärpolizei periodisch Kontrollen durch. 

Bei der Ankunft im Schlachthof wird jedes einzelne Tier vor der Schlachtung von amtlichen Tierärzt*innen auf seinen Gesundheitszustand kontrolliert. Geringste Abweichungen vom Normalfall werden untersucht. Zur Betäubung gelangen nur unauffällige Tiere. Des Weiteren wird die Einhaltung der Tierschutzvorschriften zum Transport überprüft und die Tiergeschichte kontrolliert. Nur Tiere mit einer lückenlosen Dokumentation ihrer Vorgeschichte, zur Rückverfolgbarkeit bis zum Geburtsbetrieb, dürfen angeliefert werden.

Die Fleischuntersuchung erfolgt unmittelbar nach der Schlachtung. Dabei werden die Amtstierärzt*innen von einer amtlichen Fachassistenz, in der Regel gelernten Metzger*innen oder Metzgermeister*innen mit entsprechender Zusatzausbildung, unterstützt. 

Weicht ein Schlachttierkörper von der Norm ab, muss die*der diensthabende Tierärzt*in die Entscheidung über die Genusstauglichkeit fällen. Im Bedarfsfall werden mikrobiologische Laboruntersuchungen angeordnet.

In der Schweiz gelten Einschränkungen in der Fleischgewinnung und -verarbeitung. Der Ausschluss von spezifizierten Risikomaterialien aus der Lebensmittelverarbeitung ist ein wirksamer Schutz der Gesundheit von Mensch und Tier. Hohe Qualitätsstandards in der Tierverkehrskontrolle und der Tierseuchenuntersuchung sowie Selbstkontrollkonzepte der Betriebe leisten einen wichtigen Beitrag zur Früherkennung von neu- und wiederauftretenden Tierseuchen. Sie sind ein zentrales Instrument der Tierseuchenbekämpfung. 

Klassische Seuchen wie Brucellose, Milzbrand oder Tuberkulose gibt es nur noch selten. Im Vordergrund stehen heute Seuchen, die beim Tier keine Symptome hervorrufen. Sie gelangen über Lebensmittel tierischer Herkunft in den Menschen und können dort Krankheiten auslösen. Besondere Bedeutung haben zurzeit Salmonellose, Campylobacteriose und EHEC (Durchfallerkrankung). Tierhalter*innen, Fleischkontrolleur*innen und Tierärzt*innen sind verpflichtet, jeden Verdacht auf eine Tierseuche zu melden. 

Wird ein Seuchenverdacht im Schlachthof festgestellt, stoppen die Veterinärdienste den Schlachtprozess, um eine Ausbreitung oder Verschleppung zu verhindern. Im Rahmen von Bekämpfungsstrategien werden systematisch Proben entnommen und bei Bedarf unverzüglich weiterführende Massnahmen eingeleitet. 

Seit Mai 2015 wird die Schweiz von der OIE (Weltorganisation für Tiergesundheit) in der Kategorie der Länder mit vernachlässigbarem BSE-Risiko gelistet. Ein grosser Erfolg einer lückenlos durchgeführten Kontrolle. In der Broschüre des Bundesamts für Lebensmittelsicherheit und Veterinärwesen (BLV) sind ausführliche Informationen über die erfolgreiche BSE-Bekämpfung in der Schweiz zu finden.

Die Veterinärdienste überwachen die korrekte Entsorgung beziehungsweise Verwertung von tierischen Nebenprodukten, die beim Schlachtprozess anfallen. Bei den verwertbaren Nebenprodukten handelt es sich einerseits um Schlachtabfälle, die grundsätzlich lebensmitteltauglich sind, jedoch vom Menschen heute nicht mehr gegessen werden. Andererseits handelt es sich um Produkte mit kleinen Mängeln ohne Gefährdungspotenzial für die Gesundheit von Mensch und Tier.