Die Partizipation der Schülerinnen und Schüler ist der Schule Herzogenmühle ein wichtiges Anliegen. Formelle Gefässe und Gremien, die an unserer Schule bestehen, sind auf der Ebene Gemeinschaft/Klassen der Klassenrat und auf der Ebene Schule der Schülerrat (Schülerinnen- und Schülerparlament).