Neben häufigeren Arten wie Grasfrosch und Bergmolch kommen auch seltenere Amphibienarten in Zürich vor, etwa die Gelbbauchunke und Geburtshelferkröte. Auch der eingeschleppte, invasive Seefrosch lebt hier.
Alle Amphibien – ausser dem Feuersalamander – leben in Weihern oder Tümpeln. Deshalb ist es für die Stadt Zürich wichtig, dass die rund 300 städtischen Kleingewässer erhalten und gepflegt werden. Wo möglich, werden neue geschaffen.
Das Anlegen von Amphibienweihern in privaten Gärten unterstützt Grün Stadt Zürich mit dem Förderprogramm Stadtgrün.
Amphibien und ihre Lebensräume sind bundesrechtlich geschützt. Beschädigte oder zerstörte Kleingewässer müssen ersetzt werden. Amphibien und ihr Laich dürfen nicht gefangen oder umgesiedelt werden. Es ist verboten, die Tiere zu töten oder zu verletzen. Nach kantonalem Recht dürfen Schulen eine kleine Anzahl (max. 20 Tiere) von Amphibien aufziehen. Es braucht dazu keine Bewilligung. Der Bestand am Fangort darf dadurch nicht gefährdet werden. Die Tiere müssen später wieder am selben Ort ausgesetzt werden.

Zehntausende Amphibien wandern jeden Frühling zu ihren Laichgewässern. Beim Überqueren von Strassen werden viele überfahren oder vom Luftdruck vorbeifahrender Fahrzeuge getötet.
Strassenabschnitte mit besonders hohem Aufkommen werden mit Warntafeln gekennzeichnet. Beim Weiher Degenried und bei den Katzenseen führen spezielle Leitsysteme Amphibien und andere Kleintiere möglichst sicher unter der Fahrbahn hindurch.

Amphibien können in die Schächte der Strassenentwässerung fallen, wenn sie dem Randstein entlangwandern. Damit sie sich wieder befreien können, sind in Zürich rund 2000 Schächte mit Amphibienleitern ausgerüstet. Abgeschrägte Randsteine dienen dem raschen Verlassen der Fahrbahn. Strassenbauprojekte in der Amphibienschutzzone sehen entsprechende Massnahmen vor.
Für Tiere, die dennoch in die Abwasserreinigung Werdhölzli gespült werden, verfügt das Klärbecken über Ausstiegshilfen. Dort können sie auf speziellen Rampen aus den Klärbecken aussteigen.
Es ist verboten, Zierfische in Gewässern auszusetzen. Diese stören das ökologische Gleichgewicht und schaden vor allem den Amphibien.
Für Aquarienfische gibt es Auffangstationen, etwa Aqualuz.ch oder den Verein AquaTerra-Herz.